【開基】慈成院釈圓信 梅原法親王
当山資料によると、寛喜元年（1229年)承久の乱により流罪に処された後鳥羽上皇の皇子・圓信が、越中国砺波郡山田荘梅原里（南砺市梅原）に真言宗寺院・大法寺を開基したことに始まる。「世人梅原法親王と称す」とあり、後に浄土真宗の祖・親鸞に帰依し真宗へ改宗した。現在の跡地には以速寺（真宗大谷派）があり、他にも梅原の地に由来する寺院は複数存在する。
寛正４年（1463年）、８世道願は異母兄との後継争いにより梅原里を退去し尾張名古屋へ移った。同年、京大谷にて本願寺８世蓮如を訪ね、真筆六字名号双幅（現存）を賜る。当山中興の祖。
10世尊乗は、天下争乱を受け永正６年（1509年）飛騨古川、永正17年（1520年）先祖所縁の越中へ移った。越中各地（富山八ケ山説・滑川上島説）にて一宇を建立しつつも争乱が止まず居を転々とし、大永２年（1522年）鉢村（魚津市）に落ち着いた。当時の魚津市松倉周辺は山城松倉城や産出量豊富な金山があり、人口約３万人が暮らしたといわれ寺も多くあった。現在鉢の当山跡地には門徒衆住居があり、松倉城下町であった鹿熊をはじめ金山谷・北山・蓑輪等の地域には多くの門徒衆がある。 尊乗が亡くなると、天文３年（1534年）圓信以来の血統が絶えた。
天文19年（1550年）門徒に望まれ入寺した11世顕乗は、畠山基國の末孫といわれ武将の血統を引く僧である。越中一向一揆の旗頭・土山御坊勝興寺や井波瑞泉寺へ居しつつ一揆を統率するリーダー格であったことで、勝興寺との関係が深いものとなった。織田信長と本願寺顕如の戦「石山合戦」では、大坂・石山本願寺へ海路にて兵糧米計800石を支援し功績を上げ、本願寺11世顕如より「光佐殿矢文御書」や「顕」の字を賜り賢乗改め顕乗と号した。顕乗は、石山合戦後その威名を恐れた何者かによって毒殺された。
上記のことから、顕乗は自坊を空けがちになり、石山合戦前の永禄９年（1566年）住職を12世専乗に譲っている。専乗は顕乗の子でなく、井波瑞泉寺４世蓮欽の孫専宗改め専乗と号した。年代を考察するに、顕乗と同時期の人物であるため代務としての入寺と考えられる。専乗は寺基を鉢村から滑川下小泉へ移転し、永禄10年（1567年）顕乗の子で13世法乗は、さらに現在地の寺家村に移転した。永禄13年（1570年） 経由地となった下小泉の地は、その後もお講等の仏事が継続して行われた。当時の寺家村は閑散としていたようだが、次第に宿場・商人・寺院等が集まる中心地となり、いつしか賑わう繁華街の傍に立つ寺院となった。
10年にも及んだ石山合戦は信長の勝利に終わり、本願寺は11代・顕如の後、東西に分派した。現在の新川広域圏では、東本願寺（大谷派）属とする寺院が多かったが、当山は勝興寺や持専寺との関係性から西本願寺（本願寺派）属となった。法乗の子・正恵は、黒部市生地の専念寺開基とある。
法乗の弟で14世玄乗は、はじめ持専寺へ入寺したが、本願寺東西分立時の越中における騒動により、当山へ戻り兄法乗の後を継いだ。慶長11年（1606年）西本願寺より寺号下付され、真宗本願寺派専長寺を創立した。持専寺との縁により、寺号に「専」の字が使われたものと考えられる。後に西本願寺より木佛を含む五尊が迎えられたが、西本願寺は元和３年（1617年）火災に見舞われた影響で木佛の到着が遅延し、西本願寺の詫状が残る。
元禄５年（1692年）15世願乗の時、玄教が小泉門徒と共に当山門下に加わり、以後「発願寺」と号した。
宝永２年（1705年）、16世智乗の時、門徒衆より梵鐘及び喚鐘の寄付を受ける。梵鐘には願主住職名と施主門徒名が刻まれている。詳細な記録は無いものの、鐘楼堂を建立したものと考えられる。これらは後の太平洋戦争時供出されたが梵鐘は返り、300年余を経た現在も寺の歴史を見守り続けている。
寛政２年（1790年）20代・自乗の時、大火に遭い堂宇を悉く焼失。「顕如真筆矢文御書」「太閤秀吉陣中守黄金本尊一寸阿弥陀如来像」「菅原道真公真筆御詠歌」珍宝３点が失われる。同６年、堂宇の再建が始まる。この大火で本山より迎えられた木造本尊も焼失したものと考えられ、現在安置する本尊阿弥陀如来像は勝興寺より譲り受けたものと口伝されており、本尊の寸法は勝興寺本尊とほぼ同一といわれる。詳細不明のため、更なる調査が必要である。
19代・教乗、20代・自乗、21代・義洞は全て18代・現乗の子で、３兄弟が順次継職した。
一度の大火を乗り越え、当時の境内地は現在の約３倍、正面東西にそれぞれ門を構え、本堂は十数間もの大伽藍が建てられた。庫裏も相応の規模で、時折宴を開いてはどんなに賑やかにしても外に音が漏れることはなかったと口伝される。
寛政９年（1797年）義洞の時、旭なる者が当山門下に加わり、以後「本行寺」と号した。
22代・義芳は「本殿ヨリ両役ヲ蒙ル録所ヨリ組頭ヲ預ル且ツ空華社会頭ヲ務ム」とあり、様々な役職を務めていたことが窺える。富山城の太鼓橋や御殿を払い下げて、裏川を隔てた境内地へ移築したと口伝され、当時の橋跡の遺構が残る。近年では富山市梅沢町周辺に支坊が存在した可能性も浮上し、当時の繁栄を窺い知る事ができる。義芳は文化人としても知られていたようで、特に和歌を好み、他にも自筆の書や絵画が残る。
天保５年（1835年）、大風の中で大火に遭い、堂宇・宝物・過去帳などが悉く焼失。同年に再建したが、その後も「四朗七郎焼」や、当山の焼失が特に激しかった「御梅焼」等の大火に見舞われた。
嘉永６年（1853年）23世義乗は本堂を再建するも、またしても大火類焼に見舞われた。堂宇は建立と焼失を繰り返し、法物や道具が失われ、縁戚寺院から物品の提供を受けたりもした。度重なる大火類焼により、次第に住職門徒衆共々疲弊し、以後荒廃の一途をたどった。境内地の大部分が売り払われ、焼け跡の境内地には一時的に小学校が建てられたりもした。
廃仏毀釈の様相が激しくなった明治を迎え、24世實乗、25世真乗が若年で相次ぎ早世し、男性継職者を失う事態となり、26世として高月・専称寺より隆乗が養子として幼い頃から迎えられた。後に奈良県吉野・願行寺に設けられた仏教学林真利教校にて教鞭を執ったことで、本願寺諸高僧との縁もあった。隆乗は還暦の奉仕として、最後の大火類焼以来44年後の大正13年（1924年）一族一門積年の大願であった本堂再建を果たし、令和６年（2024年）には再興100年を経過した。
昭和には、27世29世真隆和上が活躍した。龍谷大学教授の後、顕真学苑を創設し学僧を多く輩出。本願寺執行(現総務)や勧学寮頭など西本願寺の要職を歴任し、昭和の西本願寺教団を支えた。23世勝如門主より裹頭を授かった唯一の裏頭勧学であった。宗門外では、参議院議員に当選し国政へ進出、晩年は富山大学第３代学長を務める。僧侶の枠に留まらず活動し、宗門内外の多くの要人と交流があった。寺の法務は主に寺中の発願寺と本行寺が勤めていた。
戦後に鐘楼堂再建、晩年に本堂裏に経蔵を建立。勲二等瑞宝章受章。（詳細は梅原真隆和上紹介ページ参照）代の重複は、28世を譲った子・隆嗣の太平洋戦争戦死を受け、続けて29世を継職したためである。
二十八世隆嗣は真隆の次男（長男は早世）。東京帝大大学院を卒業後、難関の朝日新聞論説委員試験に合格したが、間もなく軍に召集され幹部候補生試験に合格、福島陸軍第2師団入営後は歩兵第29連隊旗手を務めた。 結婚・住職継職の後に幹部将校として大東亜戦争へ出征。インドネシア領ビアク島進出に伴う飛行場設定部隊支隊長としてヌンフォル島を占領。1944年7月に米軍の攻撃を受け島南西ナンベル飛行場付近で戦死。部隊はほぼ全滅したが、隆嗣の最後を見届け生還した将兵により遺品とともに最後の様子が伝えられた。最終階級は陸軍大尉。
30世隆章(京都大学文学博士号・富山大学名誉教授)は、兄28世隆嗣の戦死を受けて真隆の後を継いだ。長年にわたり大学教授と住職を兼務し、子・隆道と共に法務を勤めた。昭和末期、本堂修繕・庫裏再建・境内整備等の大規模な改修を行った。
宗門外では、家永裁判（教科書裁判）にて国側の証人として法廷に立ち、国側勝訴の一因を担った。勲三等旭日中綬章受章。
寺中の本行寺が当山門下より独立し、後に廃寺となった。
31世隆道は、父隆章が大学教授と住職を兼務し多忙且つ病気がちであったため、代役として多くの門徒法務を勤め、門徒交流をより深いものとした。自身も僧侶の傍ら富山高等専門学校にて非常勤講師を務め大学助教授の道も開けていたが、寺の後継者として僧侶の道を歩んだ。歯に衣着せぬ説教で門徒の評価は分かれたが、物事の筋や道理をわきまえた姿勢を貫き、念佛の教えを説き続けた名物住職であった。
平成11年(1999年)真隆和上33回忌にあわせ滑川市立博物館開催の「梅原真隆展」へ協賛。平成15年(2003年)西本願寺24世・即如門主滑川組御巡教の折、自坊を会場として帰敬式等を催行。平成27年(2015年)真隆和上の五拾回忌法要を勤め、境内に記念歌碑を建立。宗門では長く富山教区会議員として本願寺派富山教区の発展に尽力。晩年は世相を慮り門徒からの浄財協力を求めず自坊修繕をすすめ、各伽藍設備の維持向上を図り、総花梨鐘楼堂建立が最後の奉仕であった。
現住職32世隆超は、本願寺派特別法務員（持管：篳篥）。寺中・発願寺（西方）とともに日々の法務を勤める。令和五年（2023年）までに、先代の悲願でもあった本堂修繕事業を行った。かねてより親交のある寺社建築棟梁・木下氏により花梨を中心とする希少唐木材を用いて立派に施工された。
令和７年５月勤修の本堂落慶を主とする令和記念法要は、寺のあゆみの集大成である。
現在、第3２世住職・隆超、寺中発願寺（西方）が日々の仏事法務を勤める。令和７年５月には、本堂修繕落慶を主とする令和記念法要の勤修は、寺の歴史の集大成となる。
令和11年（2029年）には寺院開創８００年を迎える、越中富山における浄土真宗の古刹である。
※当山の残存資料他を元にした調査・考察を含めて記載しております。